Ένα έξυπνο και καλόκαρδο αγόρι, ο Κούμπο, περνά μια ήσυχη κι ασφαλή ζωή, κρυμμένο κάπου μαζί με τη μητέρα του, μέχρι τη στιγμή που άθελά του θα ξυπνήσει ένα μοχθηρό πνεύμα. Όταν η μητέρα του πεθαίνει προσπαθώντας να τον σώσει, ο Κούμπο θα κληθεί να ενώσει τις δυνάμεις του με μια μαϊμού κι ένα σκαθάρι, και να ξεκινήσει ένα συναρπαστικό ταξίδι με σκοπό να λύσει το μυστήριο του πατέρα του, του καλύτερου πολεμιστή σαμουράι που γνώρισε ποτέ ο κόσμος. Ο Κούμπο θα πρέπει να παλέψει με θεούς και τέρατα για να βρει τη μυθική πανοπλία του πατέρα του που θα τον κάνει αήττητο, κι έτσι να ξεκλειδώσει το μυστικό της κληρονομιάς του και να ξαναβρεί την οικογένεια του.