Η ιστορία ξεκινά όταν ο ατσίδας ντετέκτιβ Χάρι Γκούντμαν εξαφανίζεται μυστηριωδώς, ωθώντας έτσι τον 21χρονο γιο του, Τιμ, να μάθει τι συνέβη. Στη διερεύνηση τον βοηθά ο πρώην συνεργάτης του Χάρι, ο Ντετέκτιβ Πίκατσου: ένας ξεκαρδιστικός, λατρευτός σούπερ μπελάς που μπορεί να μπερδέψει ακόμα και τον ίδιο τον εαυτό του. Συνειδητοποιώντας ότι έχουν την ικανότητα να επικοινωνούν μεταξύ τους, ο Τιμ και ο Πίκατσου ενώνουν τις δυνάμεις τους σε μια συναρπαστική περιπέτεια για να ξεδιπλώσουν το μυστήριο. Ψάχνουν για ίχνη κάτω από τα νέον φώτα των δρόμων της πόλης Ράιμ, μιας σύγχρονης μητρόπολης όπου οι άνθρωποι και τα Πόκεμον ζουν δίπλα-δίπλα και συναντούν μία σειρά από χαρακτήρες Πόκεμον. Σταδιακά ξεδιπλώνεται μία συγκλονιστική πλοκή, καθώς απειλείται η ειρηνική συνύπαρξη των Πόκεμον με τους ανθρώπους, αλλά και ολόκληρο το σύμπαν τους.