Μετά τις τρελές περιπέτειες της πρώτης ταινίας, οι κολλητοί πια φίλοι, Φίνι και Λέα, πλέουν στα ανοιχτά πάνω στην Κιβωτό του Νώε μαζί με τους γονείς τους και τα άλλα ζωάκια. Όμως, μετά από εβδομάδες χωρίς να φαίνεται πουθενά στεριά, οι προμήθειες έχουν αρχίσει να λιγοστεύουν, απειλώντας την εύθραυστη ειρήνη ανάμεσα στα σαρκοφάγα και τα φυτοφάγα ζώα.
Μετά από μια σειρά ατυχιών, τα παιδιά βρίσκονται κατά λάθος εκτός της Κιβωτού - μαζί με τις τελευταίες προμήθειες! Η Λέα και ακόμη ένας ναυαγός, η καινούργια τους φίλη, Τζέλι, ξεβράζονται σε ένα απομακρυσμένο νησί, ενώ ο Φίνι ξυπνάει σε μια περίεργη κοινότητα από οικεία ζωάκια που ζουν ειρηνικά - υπό την απειλή ενός… ζωηρού ηφαιστείου!
Σε μια μάχη ενάντια στο χρόνο, την παλίρροια και τις τρομακτικές δονήσεις, ο Φίνι πρέπει να σώσει τους φίλους τους, να επανενώσει την οικογένειά του και να σώσει την κοινότητα από την απόλυτη καταστροφή…